Ny teknik ger effektivare smittspårning av bakterier

Share on FacebookTweet about this on TwitterShare on LinkedInEmail this to someonePrint this page

Smittspårning är det epidemiologiska arbete som görs för att lista ut var smittan kom ifrån och hur den sjuke smittats när någon fått en infektionssjukdom. Smittspårning är viktigt både för att snabbt kunna stoppa spridningen av smitta till fler, och för att förhindra framtida smitta från samma eller liknande källor. (Artikeln tidigare publicerad i pappersversionen av SVAvet, nr 1/2-2015)

För att kunna bevisa spridning av vtec från en misstänkt källa till en smittad människa krävs att vi kan se skillnad på bakterierna, även om de är nära släkt. Genom att använda genetiska markörer som ett slags ”fingeravtryck” matchar vi bakteriefynd från misstänkta källor och smittade människor (eller djur) mot varandra.

På senare år har en ny metod för att ta fram ”fingeravtrycken” blivit mycket uppmärksammad och kommit till allt större användning. Tekniken kallas massiv parallellsekvensering eller ”next generation sequencing” (NGS), men ofta talar man om ”helgenomsekvensering” eftersom hela bakteriens genom sekvenseras. Med äldre tekniker använder man sekvensen i begränsade dna-regioner, eller tittar på antalet och placeringen av bestämda dna-motiv.

Helgenomsekvensering ger en mer detaljerad bild av hur bakterier inom en art eller en vtec-serotyp är besläktade med varandra, eftersom vi kan utnyttja genetisk variation oberoende var den sitter i bakteriens dna-sekvens. Med helgenomsekvensering kan man få information både om släktskap och om vilka gener och genvarianter bakterien har. På det sättet kan man lista ut om bakterien är antibiotikaresistent eller om den har förmåga att orsaka sjukdom. För vtec är vi exempelvis intresserade av vilka verotoxingener bakterien har.

Helgenomsekvensering används redan i den ordinarie bakteriologiska verksamheten på flera svenska myndigheter och sjukhus. På SVA har vi de senaste åren framgångsrikt använt tekniken för att smittspåra bland annat vtec, salmonella och mjältbrand. Under 2015 kommer alla vtec-fall med misstänkt djurkoppling att utredas med stöd av helgenomsekvensering i ett projekt som finansieras av Jordbruksverket.

Många utmaningar återstår dock innan helgenomsekvensering kan bli en etablerad standardmetod. Det handlar till exempel om kvalitetskontroll och standardisering av arbetsmetoder, och om huruvida data från olika instrumentmodeller och analysprogram ger samma resultat. SVA jobbar även med att bli bättre på att tolka de komplicerade resultaten som helgenomsekvensering producerar, och förstå vilka slutsatser som kan dras från dem. Detta kräver ett nära samarbete mellan personal på laboratoriet, bioinformatiker som förstår rådata som tas fram, och epidemiologer som kan väga ihop sekvensdata med annan information i smittspårningsarbetet.

Redaktionen

Redaktionen för svavet.sva.se finns på staben för kommunikation vid Statens veterinärmedicinska anstalt, SVA.

Share on FacebookTweet about this on TwitterShare on LinkedInEmail this to someonePrint this page

Kommentera

E-postadressen publiceras inte. Obligatoriska fält är märkta *